بدء العمل على بناء مرفأ طرطوس في العام 1960، من قبل مجموعة شركات #عربية وأجنبية، وتم إكمال المرحلة الأساسية منه عام 1966، وبدء باستثماره بشكل محدود خلال تلك الفترة، حيث كان عبارة عن رصيف واحد بطول 500 متر مع عدد محدود من #الآليات والمستودعات والساحات.

وأحدثت الشركة العامة لمرفأ طرطوس بموجب المرسوم رقم 314 عام 1969، وحدد المرسوم نشاط الشركة في استثمار المرفأ وما ينشأ فيه من أحواض #مائية وأرصفة ومخازن ومستودعات، بالإضافة لخدمات للسفن والركاب والبضائع.

وتمارس الشركة عملها وفق أحكام القانون رقم 2 لعام 2005، الخاص بالمؤسسات والشركات والمنشآت العامة، حيث أعطى القانون الحق للشركة باستثمار الأملاك الجارية بما يحقق الريعية الاقتصادية، كما اعتبر #القانون الشركات بمثابة التاجر في علاقتها التجارية.

ويشغل مرفأ طرطوس حالياً مساحة 3 مليون متر مربع منها 1.2 مليون متر مربع مساحة الأحواض المائية و1.8مليون متر مربع مساحة المستودعات والساحات والأرصفة، كما تم تصميم المرفأ من قبل شركة دانمركية متخصصة بتصميم المرافئ.

في العام 2016 أعلن مرفأ طرطوس أن حجم إيراداته تجاوز 4 مليارات ليرة سورية (9 مليون دولار)، وأن عدد السفن القادمة والمغادرة لم يتجاوز 465 سفينة، مع العلم أن عدد السفن القادمة والمغادرة للمرفأ قبل العام 2011 كانت تصل إلى 2425 سفينة.

وبلغ إجمالي الحركة #الملاحية في العام 2017 من البضائع المصدرة 40 ألف طن فقط، أغلبها رخام ومواد غذائية فيما بلغت كمية المستوردات 2 مليون طن، إلا أنها كانت قبل العام 2011 تصل إلى 13.4 مليون طن المصدرة، والبضائع المستوردة 10.7 ملايين طن خلال 2010.